胃肠道平滑肌肿瘤早期常无任何自觉症状，随着肿瘤的不断生长，临床上才出现相应的症状。Chou等[3]报道约有43.8的患者表现为消化道出血，主要为便血。此外有37.5的患者表现为腹部肿块，部分有腹痛(21.3)，少数表现为便秘，约有3的患者出现消化道梗阻，8.8的患者临床上无任何症状。北京医科大学一组报道中有40的患者出现贫血，4的患者表现有体重减轻。
来源于胃的消化道平滑肌肿瘤主要表现为消化道出血和腹痛，少数患者可摸到肿块。Davis等[7]分析总结425例胃平滑肌瘤中，54.6～59.1的患者表现为消化道出血，腹痛的患者占36.5～37.9。
小肠平滑肌肿瘤则以梗阻为主要表现。由于这些肿瘤富含血管，故发生在十二指肠的肿瘤易形成溃疡，且可发生大出血。少数患者发生肿瘤中心坏死，并引起肠穿孔。小肠的平滑肌肿瘤缺乏典型的临床症状，有时可以存在很多年而未被发现。据报道有41的LMs和10的LMSs会发生肠套叠[5]。
胃肠道平滑肌肿瘤的诊断主要依据临床症状、体征及消化道内镜检查。食管的平滑肌肿瘤诊断并不困难。发生在小肠的平滑肌肿瘤术前往往难以明确诊断，许多患者缺乏临床症状。消化道内镜对小肠的平滑肌肿瘤诊断的正确率仅为13～33，钡餐造影发现肿瘤的阳性率为25～29。对发生在食管及胃内的平滑肌肿瘤近年来报道应用超声内镜检查可以发现黏膜下肿瘤的大小、侵及深度及肿瘤的边界，并能鉴别黏膜的癌和黏膜下发生的平滑肌肿瘤。Blanchard等[5]认为肠系膜血管造影对小肠平滑肌肿瘤的诊断优于内镜，有经验的医师可以使70以上的小肠平滑肌肿瘤得到术前诊断。
电子计算机断层扫描(CT)检查对发生在胃肠道的平滑肌肿瘤较有意义。有报道应用CT对小肠平滑肌肿瘤诊断正确率高达89.5，平滑肌肉瘤为98。但CT尚难对良恶性肿瘤作出鉴别。
选择性动脉造影对诊断黏膜下肿瘤伴出血有较好的效果。许多平滑肌肿瘤在血管造影时表现为“肿瘤血流征”(tumorblush)，肿瘤有多处血供，并有静脉池。但血管造影也难以确定良恶性肿瘤。
对于发生在肛门直肠的平滑肌肿瘤，特别是肛管的平滑肌肿瘤，影像学检查往往不易发现，除了肛查及直肠肛门镜检外，强调直肠内镜超声，此检查不仅能鉴别黏膜及黏膜下层来源或肌层来源的肿瘤，而且可以测量肿瘤的大小、形态、部位及范围。超声检查可以区分是直肠平滑肌还是黏膜上皮来源的肿瘤。近年来磁共振(MRI)对平滑肌来源肿瘤的诊断也有报道。MRI可以准确地定位发生在盆腔的平滑肌肿瘤，并能区分是黏膜和黏膜下层增厚的肿瘤还是肌层以及腔外的脂肪组织。内镜超声引导下的针刺活检会使80的胃平滑肌来源的肿瘤得到术前正确的诊断。
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