肿瘤单细胞研究思路解析（二）

群体单细胞转录组测序解析由IDH 突变的胶质瘤的遗传学、谱系和微环境

本文是发表在science上的一篇文章，作者选取10个IDH-A患者和6个IDH-O患者进行研究，共获得9879份scRNA-seq数据和4347份scRNA-seq数据，同时结合TCGA bulk RNA-seq数据（76个IDH-O胶质瘤和91个IDH-A胶质瘤），对IDH-A和IDH-O胶质瘤的表达谱进行了比对。

RNA-seq数据差异分析

通过基因表达聚类分析，细胞分为胶质瘤细胞、免疫细胞和少突胶质细胞三类，通过基因表达和CNV对细胞进行分类，结果也是一致的。共定义了5097个恶性细胞。

将RNA-seq的数据结果与ATCG数据进行比较，寻找两种肿瘤亚群基因表达差异，分析亚群特征性基因，其中一半的基因在单细胞测序中没有差异，在大量细胞测序中有差异，表明非恶性细胞导致的差异基因占了一半。IDH-A与IDH-O恶性细胞基因表达的差异主要源于基因组的问题。

细胞谱系分析

单细胞测序显示IDH-A和IDH-O共享胶质细胞谱系，之前的研究认为IDH-A和IDH-O分别以星状胶质细胞和少突胶质细胞为主。特征基因和PCA分析证明，IDH-A和IDH-O胶质细胞之间差异基因很少，区别主要在于遗传学和肿瘤微环境的差异，而不是胶质细胞的差异。

细胞干性分析

研究发现未分化的胶质瘤细胞与增值和干性相关，分析IDH-A和IDH-O中的未分化细胞，发现在2个亚群基因表达具有高度相似性，均有干性功能。通过荧光杂交进行验证，IDH-A和IDH-O的分化细胞主要是循环细胞和假定的干细胞。

肿瘤微环境分析

本文采用PCA分析了小胶质细胞/巨噬细胞细胞的多样性，发现了胶质瘤中胶质细胞和巨噬细胞的表达程序。巨噬细胞的程序与肿瘤的临床分级和血管增加相关，肿瘤中的小胶质细胞/巨噬细胞转录程序具有连续性（而不是一个双峰分布），揭示了细胞状态的可塑性，同时找到了肿瘤中浸润更多的小胶质细胞/巨噬细胞的特征基因，也体现了肿瘤微环境中IDH-突变胶质瘤的胶质细胞和巨噬细胞的平衡。

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