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分类：医学相关
肿瘤突变负荷(Tumor MutationBurden，TMB)被人们定义为一份肿瘤样本中，所评估基因的外显子编码区每兆碱基中发生置换和插入/缺失突变的总数。
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1:只考虑编码区域不正文 字体大小：大 中 小
肿瘤突变负荷(TumorMutationBurden，TMB)
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分类：医学相关
肿瘤突变负荷(Tumor MutationBurden，TMB)被人们定义为一份肿瘤样本中，所评估基因的外显子编码区每兆碱基中发生置换和插入/缺失突变的总数。
过滤条件：
1:只考虑编码区域不是你设计panel的bed文件大小
2:去掉dbSNP中的germline突变位点以及common突变
3:去掉ExAC数据库中的germline突变位点（在annovar中的其他人群突变数据库也可以考虑进去），例如：
1000Genomes(/)
ESP(http://evs.gs.washington.edu/EVS/)
Kaviar(/kaviar/)
HRC(http://www.haplotype-reference-)
CG69(/public-data/69-Genomes/)
ExAC(/ )
gnomAD(/ )
4:使用annovar对vcf文件进行注释，按照Illumina给出的原则，保留在COSMIC数据库中注释中（癌症出现次数>4）的突变位点或者过滤已知的驱动基因Knowndriver mutations (EGFR, MET, BRAF, PIK3CA, NF1, KRAS, and NOTCHfamily)去掉
Chalmers Z R, Connelly C F, Fabrizio D, etal. Analysis of 100,000 human cancer genomes reveals the landscapeof tumor mutational burden[J]. Genome medicine, , 9(1):34.
Wang M, Fan W, Ye M, et al. Molecularprofiles and tumor mutational burden analysis in Chinese patientswith gynecologic cancers[J]. Scientific reports, , 8(1):8990.
在这篇文章里使用的数据质控软件是TRIMMOMATIC-bwa-samtools-picard-GATK(Mutect2)-ANNOVAR
Zhou Z, Lyu X, Wu J, et al. TSNAD: anintegrated software for cancer somatic mutation and tumour-specificneoantigen detection[J]. Royal Society open science, , 4(4):170050.
5:在文献Shu Y, Wu X, Tong X, et al. Circulatingtumor DNA mutation profiling by targeted next generation sequencingprovides guidance for personalized treatments in multiple cancertypes[J]. Scientific reports, , 7(1):583.中，本文使用的分析流程是:Trimmomatic-BWA-GATK(用于发现血液样本中的家系突变)Varscan2用于发现肿瘤样本中的somatic突变。去掉了dbSNP（v137）和千人基因组里面的突变，保留了COSMIC数据库中的突变，注释使用的是ANNOVA.基因组fusion分析使用的是FACTERAhttps://factera.stanford.edu，拷贝数变异分析使用的是
ADTEx
量化的描述TMB，可分为3类：
1)TMB-High=>20mutations/Mb;
2) TMB-Intermediate, 6-19Muts/Mb;
3) TMB-Low <= 5 Muts/Mb;
# TMB
a. panel size的问题对于TMB的计算很重要，不能太小，最小0.5吧[1]，也有建议0.8M的[2]，不过总的结论是不能太小,越大越接近外显的结果
b. panel的设计初衷有时候不仅仅是call变异，也有SV、基因融合等等，这些区域在计算TMB的时候不应该考虑在内[1]
c. 对于变异位点，建议将同义突变也考虑进去[1]
d. 关于热点突变（文献里也指驱动突变）建议还是要去掉的，貌似不是去掉整个驱动基因而是驱动突变或者热点突变,关于热点突变有的文献粗略的定义cosmic数据库中CNT>=50的位点，这些位点你可以通过下载cosmic数据库的VCF获得
e. 另外变异位点也是考虑体细胞突变，如何区分体细胞和遗传性突变，要么你就是配对样本，如果你是tumor only那么可以参考Foundation Medicine’s FoundationOne panel 开发的SGZ（/jsunfmi/SGZ），不过是需要一定的样本作为训练集合的[3]
g. 在测序深度上一般的panel是500X，为了较准确的发现低频突变，最低也不要低于200X[2]
f. 在call变异过程中VAFFoundationOne CDx and Oncomine assays 与MSK-IMPACT都是大于等于5%，但是热点突变是2%[2]
h. TMB有明确证据证明在 non-small cell lung carcinoma (NSCLC)是biomarker，但并不是在所有癌种中都适用[4]
## 参考文献
1. Buchhalter I, Rempel E, Endris V, et al. Size matters: Dissecting key parameters for panel‐based tumor mutational burden analysis[J]. International journal of cancer, , 144(4): 848-858.
2. Büttner R, Longshore J W, López-Ríos F, et al. Implementing TMB measurement in clinical practice: considerations on assay requirements[J]. ESMO open, , 4(1): e000442.
3. Sun J X, He Y, Sanford E, et al. A computational approach to distinguish somatic vs. germline origin of genomic alterations from deep sequencing of cancer specimens without a matched normal[J]. PLoS computational biology, , 14(2): e1005965.
4. Fancello L, Gandini S, Pelicci P G, et al. Tumor mutational burden quantification from targeted gene panels: major advancements and challenges[J]. Journal for immunotherapy of cancer, , 7(1): 183.
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