GDR数据库简介蔷薇科基因组数据库（Genome Database For Rosaceae），简称GDR，网站为（/），是为研究蔷薇科植物功能基因组及作物改良提供便捷服务的数据库。该数据库中蔷薇科植物主要包括草莓属、苹果属、李属、梨属、蔷薇属、悬钩子属植物。
GDR数据库中草莓基因组信息简介草莓作为一种重要的蔷薇科经济作物，其基因组序列的公布对草莓重要农艺性状基因挖掘、比较基因组学分析、分子标记开发等具有重要的促进作用。1月31日，辽宁省草莓育种与优质栽培重点实验室、沈阳农业大学园艺学院张志宏教授团队在国际生物技术着名期刊《Plant Biotechnology Journal》（一区Top期刊，影响因子8.154）在线发表了题为 “The high-quality genome of diploid strawberry (Fragaria nilgerrensis) provides new insights into anthocyanin accumulation” 的研究论文（DOI:10.1111/pbi.13351），近日黄毛草莓(Fragaria nilgerrensis)基因组序列上传至GDR数据库，以便为研究者提供更多的参考。目前GDR数据库中草莓基因组信息（/species/fragaria/all）包括二倍体森林草莓（Fragaria vesca）、黄毛草莓（Fragaria nilgerrensis）、日本草莓（Fragaria nipponica）、西藏草莓（Fragaria nubicola）和饭沼草莓（Fragaria iinumae）；四倍体东方草莓（Fragaria orientalis）和八倍体凤梨草莓（Fragaria × ananassa）。
黄毛草莓序列比对分析在草莓属主页菜单栏中，找到BLAST选项，可以使用核酸或者氨基酸进行序列查找。如下图所示，输入核酸序列，数据库选择黄毛草莓基因组1.0版本。比对结果中可以看到比对率、基因位置情况及基因编号等信息。黄毛草莓基因组装和注释页（/bio_>
黄毛草莓基因组组装和注释目前黄毛草莓基因组组装和注释页主要包括概要（Overview）、同源性分析（Homology Analysis）、数据下载（Download）、组装（Assembly）、基因预测（Gene Predictions）、基因功能分析（Functional Analysis）、转录本比对（Transcript Alignments）、基因组装及结构预览（View Assembly in JBrowse）、序列比对（BLAST）、线性比对（View Synteny）。以下对黄毛草莓组装和注释页主要功能选项进行简要说明。
序列下载与功能分析如下图所示，黄毛草莓的基因组组装序列、编码区序列、蛋白序列、功能分析、同源性分析等均可以下载。功能分析文件主要包括GO、KEEG和IPR的EXCEL文件；基因预测包括编码区（FASTA文件）、蛋白（FASTA文件）、基因（GFF3文件）。转录本比对分别与栽培草莓、苹果、樱桃等进行比对分析。同源性分析主要是将黄毛草莓蛋白信息与NR数据库、拟南芥数据库、蛋白数据库SwissProt和TrEMBL进行比对分析，并形成EXCEL和FASTA文件两种格式，其中与模式植物拟南芥同源比对的EXCEL文件可以直接下载，然后根据基因ID号查找黄毛草莓基因对应拟南芥的同源基因，便于进行功能预测和分析。
共线性分析GDR数据库提供了黄毛草莓与其他蔷薇科基因组的共线性分析，可以通过View Synteny显示两基因组染色之间的共线性区域。黄毛草莓的基因组与其他基因组染色的共线性可以通过选择不同物种进行查询。
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