简介
蛋白质互作网络（protein protein interaction network，PPI network）是由蛋白通过彼此之间的相互作用构成，来参与生物信号传递、基因表达调节、能量和物质代谢及细胞周期调控等生命过程的各个环节。系统分析大量蛋白在生物系统中的相互作用关系，对了解生物系统中蛋白质的工作原理，了解疾病等特殊生理状态下生物信号和能量物质代谢的反应机制，以及了解蛋白之间的功能联系都有重要意义。在生物医药领域有助于从系统的角度研究疾病分子机制、发现新药靶点等等。
STRING数据库
STRING数据库是常用的蛋白质互作网络数据库STRING数据库，STRING数据库收录多个物种预测的和实验验证的蛋白质-蛋白质互作的数据库，包括直接的物理互作和间接的功能相关。结合差异表达分析结果和数据库收录的互作关系对，构建差异表达蛋白互作网络。分析过程中将差异表达蛋白映射到STRING数据库中，获得差异蛋白的相互作用关系信息。由于STING数据库除了包含有实验数据、从PubMed摘要中文本挖掘的结果和综合其他数据库数据外，还有利用生物信息学的方法预测的结果。再从上述的搜索结果中筛选出适合的蛋白对，并采用恰当的生物信息学分析软件对相互作用结果进行可视化分析，最终生成直观的蛋白质互作网络结果图。
一般分析流程
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