原标题:好用的基因共表达网络分析工具
基因共表达网络(GeneCo-expreesion Network)是用来展现基因间相互作用关系的一种手段,是基于基因间表达数据而构建调控网络图。今天推荐一个查询基因共表达网络的分析工具:Coexpedia。
Coexpedia简介
网址:http:///
首先打开网页是这样的:
Coexpedia目前包含大约800万个共表达基因,从384个人类GEO数据集和248个小鼠GEO数据集构建而来。
Coexpedia与其他共表达数据库的差别在于:
①只包含通过功能关联的共表达;
②和特定生物学背景相关;
③与医学主题词(medicalsubject headings,MeSH)相关联,提供相关的生物医学信息。
Coexpedia 应该是首个整合MeSH术语的共表达数据库,MeSH是医学主题注释的主要来源,与之结合可以提高生物医学共表达信息的使用。
操作过程
点击Search,进入查询界面,物种只有人和小鼠,因为GEO数据库中还是这两个物种的数据较多。
以人为例,查询抑癌基因PTEN的基因共表达调控网络(当然你也可以查询多个基因的,方法类似):
输入NCBI的Gene ID 或Symbol号,点 Submit 按钮即可。查询结果如下:
Coexpedia的结果不提供原始数据,但会提供三种格式的图片文件(PNG、PDF和SVG),如下图,保存为PDF或SVG格式的图片更便于使用Ai(Adobe Illustrator)等矢量图软件对图形进行修改和优化。
图片的调整
如果对导出的结果不满意,可利用AI(Adobe Illustrator)调整背景,连线以及节点填充(或描边)颜色,调整方法参考《韦恩图的绘制与个性化调整》一文。这里重点介绍如何选择外观一致的图形,进行批量修改填充或描边的颜色。
方法是先选中一个要调整的图形,然后通过选择菜单的相同/ 颜色和描边选中所有的图中颜色相同椭圆,如下图,同理,也可通过相同 / 描边颜色,选中图中的“线”,更改颜色和粗细等。
调整后的结果如下图:
小 结
一般绘制网络图,都是基于自己的基因表达谱数据。但是,想了解特定基因可能的共表达基因,也可以通过数据库查询,大量的共表达数据也使结果更可信。
对于某个未知功能的基因,可以通过Coexpedia查询与目标基因存在共表达的基因调控网络,根据共表达基因的功能,预测目标基因可能参与调控的疾病或通路等。
如果是其他物种或想画更复杂的网络图,可通过计算基因间表达相似性,利用Cytoscape软件(本地)和 OmicShare tools(在线) 绘制基因共表达网络图。
想了解具体的画法,请戳:返回搜狐,查看更多
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