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六 肿瘤RNA突变的全组学研究-肿瘤基因调控(Genomic basis for RNA alterations in cancer)

时间:2020-05-22 02:34:45

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一、基因表达相关的遗传突变/体细胞突变

a. 根据基因型-组织表达项目(Genotype-Tissue Expression,GTEx)及表达定量性状遗传位点项目(expression quantitative trait loci,eQTL)的富集分析结果

b. 突变类型主成分分析

c. TEKT5相关基因突变分析显示,主要与该基因启动子共价修饰(Bivalent promoter)导致该基因过表达有关,而与两翼突变(3’剪接,5’剪接),内显子/外显子突变无关

d. e. 特征性突变(涉及的信号通路)与突变类型(突变发生的位置)的相关性

二、区域特异性的剪接突变

a. 剪接突变位置及序列基序(特征)

b. STK11基因表达变化,正常组织测序的覆盖度高于肿瘤组织

c. 短散在重复序列(short interspersed elements,SINEs,Alu家族)区的点突变情况

三、结构重排及RNA融合

a. 新/旧发新的结构重排及RNA融合的韦恩图

b. 12、6/15号染色体基因桥接融合(bridge指的是两个染色体在各自的断段相连接)

四、DNA与RNA变化与肿瘤关系

a. 不同肿瘤DNA与RNA变化

CNS-GBM 以RNA融合为主,其次是DNA启动子突变 > 等位基因突变 > DNA表达变化 > DNA拷贝数变化 > 点突变 > RNA剪接

b. c. B2M及PCBP2基因,园内弧线显示共同发生的突变情况

d. e. 根据癌症的体细胞突变目录(COSMIC)所有的74个突变基因DNA/RNA突变类型及比率

TP53以DNA突变为主,而GAS7以RNA突变为主

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