1、定义不同
逻辑隔离主要通过逻辑隔离器实现，逻辑隔离器是一种不同网络间的隔离部件，被隔离的两端仍然存在物理上数据通道连线，但通过技术手段保证被隔离的两端没有数据通道，即逻辑上隔离。
物理隔离，是指采用物理方法将内网与外网隔离从而避免入侵或信息泄露的风险的技术手段。
2、作用不同
物理隔离：为防止涉及国家秘密的计算机及信息系统受到来自互联网等公共信息网络的攻击，确保国家秘密信息的安全，党和国家多次强调要求涉密计算机及信息系统要与互联网等公共信息网实行物理隔离，
国家保密局2000年1月1日起实施的《计算机信息系统国际联网保密管理规定》第二章保密制度第六条明确规定，“涉及国家秘密的计算机信息系统，不得直接或间接地与国际互联网或其它公共信息网络相连接，必须实行物理隔离”。
逻辑隔离：逻辑隔离最新实现手段是利用虚拟化技术实现逻辑隔离。利用虚拟化技术，可以让用户在一台计算机上打开一个或多个虚拟桌面，每个虚拟桌面以及该计算机的真实操作系统之间都可以互相隔离，数据不能相互传输。
因此可以将不同的虚拟桌面以及真实系统连接到不同安全级别的网络，比如利用虚拟桌面来访问外部互联网，而本地真实操作系统则连接到内部机密网络进行研发设计工作，这样就实现了内外的隔离；
此时不同安全级别的网络之间，有着物理上的连接，但互相之间不能相互访问，只有指定的协议才能通过，符合逻辑隔离的国家标准定义，因此属于逻辑隔离的范畴。
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