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抽丝剥茧 去伪存真 – 细胞遗传学和基因组分析揭示新的血液肿瘤基因融合形式和染色

时间:2021-08-21 17:22:49

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陆道培医学团队通过深入的细胞遗传学和基因组分析,鉴定了血液肿瘤中一种新的基因融合形式,鉴定出对应的致病融合基因,并揭示了疾病过程中染色体结构的克隆演变情况。该研究近日发表于英国血液学会会刊British Journal of Haematology(IF 5.206)。

重现性的染色体易位和融合基因是血液肿瘤中最重要的分子指标,对疾病诊断、分型、治疗指导和检测都具有重要意义。已经有超过一百种融合基因被列入世界卫生组织血液肿瘤分类标准,但还有很多具有病理意义的融合基因因缺乏对应的染色体核型异常或因结构特征而难以被有效鉴别和发现,这也为临床检测和分析带来很大的挑战。

既往报道的融合基因都是两个基因分别发生断裂,然后相互拼接,大多数情况下形成两个异常的转录本,其中一个是关键的致病基因。传统的融合基因鉴定模式主要是先发现相应的染色体异常,再定位对应的融合基因。如血液肿瘤中最早被发现的染色体异常——着名的“费城染色体”,早在1960年就报道了其染色体异常改变,但直至1985年,才进一步鉴定其对应的致病性BCR-ABL1融合基因。

费城染色体和对应的BCR-ABL1融合基因见于几乎所有的慢性粒细胞白血病患者和约20%的急性淋巴细胞白血病患者。由于BCR-ABL1阳性的急性淋巴细胞白血病患者常规化疗难治易复发,但对应的靶向药对治疗有显着帮助,因此正确鉴定患者有无费城染色体和BCR-ABL1具有重要的临床意义。但也有少数患者虽具有BCR-ABL1融合,但因是隐匿性的染色体改变所致,核型分析检测不到费城染色体。另一方面,还有更少数情况时核型分析虽然看似费城染色体,但因累及的基因不是BCR和ABL1,因此BCR-ABL1融合基因阴性。

陆道培医学团队通过对临床观察到的染色体核型出现费城染色体样改变但多种方法检测BCR-ABL1融合基因阴性的患者进行深入的分子细胞遗传学(FISH)和基因组分析,发现了一种之前从未报道过的基因融合形式:ZNF384, EWSR1和EHMT1三个基因分别发生断裂,交互拼接形成了3种融合转录本,并且进一步确定其中的致病融合基因EWSR1-ZNF384。这三个基因断裂和交互拼接导致费城染色体样核型和不典型的分子细胞遗传学(FISH)检测结果,而疾病进展过程中继发的染色体结构改变又使其表现为正常的染色体核型。该研究不仅解释了具有该染色体异常的患者的关键致病融合形式以及基于染色体结构的疾病克隆演变过程,还揭示了一种新的融合基因产生形式。

陆道培医院细胞细胞遗传和分子细胞遗传室的专家具有丰富的染色体核型和FISH分析经验,善于发现和解决疑难问题。分子医学室自开始建立基因组分析团队,已具备系统和深入的基因组分析能力。而通过科室间的协作,有助于更好地分析临床遇到的疑难和特殊情况,甚至揭示新的疾病发生规律。

陆道培医院分子医学室主管王芳与陈雪博士是该论文共同第一作者,细胞遗传和分子细胞遗传室主任王彤与陆道培血液病研究院副院长、陆道培医院病理和检验医学科主任刘红星是共同通讯作者。

陈雪北京大学医学部血液学博士,曾获北京大学学术创新奖和教育部博士研究生国家奖学金。分子医学室基因组学分析团队主要成员之一,主要负责融合基因和基因表达分析项目的应用和持续改进,分析和总结2万余例融合基因筛查检测结果,及数百例转录组数据分析。于Nature Medicine、British Journal of Cancer,British Journal of Haematology、Clinical Genetics等中英文学术期刊发表论文30余篇,多次在美国人类遗传学年会、日本血液学年会、韩国肿瘤学会年会和全国血液学年会做学术报告。中国中西医结合学会检验医学专业委员会分子诊断专家委员会/血液系统疾病实验诊断专家委员会委员;北京医学检验学会血液和体液检验学分会委员;《国际检验医学杂志》特邀审稿专家。

王芳陆道培医院分子医学室主管,主治医师,首都医科大学硕士。主要从事血液肿瘤相关的分子诊断和研究,签发超过9万份分子诊断报告。现负责陆道培医院分子医学室工作,尤其擅长移植后供体细胞嵌合率分析、淋巴细胞克隆性和免疫组库分析、微生物检测和宏基因组分析、端粒等项目的应用和持续改进。有丰富的实验室质量保证体系建设和管理经验。于中英文学术期刊发表论文20 余篇,多次于美国人类遗传学会年会(ASHG)、世界干细胞大会(WCSC)、国际实验室血液学协会年会(ISLH)、中国医师协会检验医师年会等国际国内会议进行学术报告和交流。北京非公立医疗机构协会检验医学专业委员会委员;中国中西医结合学会检验医学专业委员会分子诊断专家委员会/血液系统疾病实验诊断专家委员会委员。

王彤

陆道培医疗集团细胞和分子细胞遗传学实验室主任,血液学副研究员。

中国抗癌协会血液肿瘤血液病理学组第一、第二届专家委员会委员;中国医师协会检验医师分会造血与淋巴肿瘤检验医学专委会特聘专家;第一届北京医学检验学会理事;北京医学检验学会第一届血液学和体液学检验分会常务委员;美国人类遗传学会(ASHG)会员、中国抗癌协会会员、中华医学会血液学分会会员;曾任陕西省医学会医学遗传分会第四届委员会副主任委员、陕西省医学会西安市血液学分会委员。

从事染色体核型分析工作30余年,擅长各种疑难、复杂染色体核型及荧光原位杂交分析,擅长染色体/FISH异常的临床意义解读及危险度分层的评估,对染色体在血液肿瘤中的临床意义有丰富经验。率先将骨髓涂片FISH技术应用于临床进行白血病回顾性诊断。所带领的实验室规模和诊断水平居国内领先地位。

参与专业书籍《临床血液学检验》、《检验诊断报告体系与应用规范》(人卫出版社)编写;研究生教材《分子病理学教程》编写;参与《血液病细胞-分子细胞遗传学诊断技术中国专家共识》()制定及《全国FISH检验诊断报告单共识》《造血与淋巴组织肿瘤检验诊断报告模式专家共识》()制定。在国内外学术期刊发表和参与发表论文30余篇。

刘红星

北京陆道培血液病研究院副院长

北京/河北燕达陆道培医院病理和检验医学科主任

从事临床医师工作3年,血液病实验诊断及相关研究工作。带领建立了具有综合实力的血液病分子医学团队和药理团队,所培养的团队成员在国际学术会议做oral、poster报告60余人次。以第一/通讯作者于Nature Medicine、Cancer等中英文期刊发表学术论文70余篇,参编专家共识3篇、专业书籍3本,申请发明专利4项。International Journal of Medical Reviews编委,《分子诊断与治疗杂志》编委、《白血病•淋巴瘤》通讯编委。

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