在ceRNA调控网络中,miRNA起到了桥梁的作用,通过和各种RNA分子结合,从而介导该调控机制的发生。starBase数据库提供了miRNA和各种RNA分子的相互作用信息,并在此基础上构建了ceRNA网络,网址如下
http://starbase./index.php
该数据库提供了以下几种类型的信息
miRNA target
RNA-RNA相互作用
ceRNA调控网络
RNA和蛋白的结合信息
根据研究方法的不同,对应5个不同的导航栏菜单
1. miRNA target
首先通过GEO数据库下载AGO蛋白的CLIP-seq测序结果,进行peak calling分析得到miRNA结合位点, 再利用targetscan等多款软件的预测结果,与CLIP数据分析结果取交集,得到最终的miRNA结合位置信息,从而确定miRNA和其他RNA分子之间的相互作用信息。
通过导航栏的miRNA target菜单,可以查看以下4种类型的miRNA靶标信息
miRNA-mRNA
miRNA-lncRNA
miRNA-circRNA
miRNA-pseudogene
miRNA-sncRNA
结果示意如下
2. Degradome-RNA
通过GEO数据库中的降解组测序数据分析miRNA的靶标信息,结果示意如下
3. RNA-RNA
从GEO数据库中下载LIGR-seq等研究RNA-RNA相互作用的测序数据,分析得到RNA分子之间的相互作用信息,通过导航栏的RNA-RNA菜单,可以查看以下4种类型的RNA分子互作信息
miRNA-RNA
mRNA-RNA
lncRNA-RNA
pseudigene-RNA
sncRNA-RNA
检索结果示意如下
4. ceRNA network
通过导航栏的ceRNA-network菜单,可以查看ceRNA网络信息,分成了以下3种类型
mRNA-ceRNA
lncRNA-ceRNA
pseudogene-ceRNA
对于每个ceRNA关系对,利用超几何分布计算p值,公式如下
N代表ceRNA网络中的miRNA总数,K代表该基因结合的miRNA个数,n代表构成ceRNA关系的另外一个基因结合的miRNA个数,c代表两个基因共同结合的miRNA个数,v2版本的数据库可以查看具体的miRNA个数信息,示意如下
ceRNA检索的结果示意如下
5. RBP-RNA
和miRNA target类似,通过GEO数据库下载RNA结合蛋白RBP CLIP-seq测序结果,进行peak calling分析得到结合位点信息,同时采用homer软件分析结合位点的motif,并根据靶基因提供了COSMIC数据库的疾病注释信息,对应以下三个导航栏的菜单
RBP-target
RBP-motfi
RBP-disease
结果示意如下
除了以上5种基本信息外,还提供了以下两种分析
1. pathway
对靶基因进行kegg富集分析,通过导航栏的pathway菜单,可以查看以下4种类型的富集分析结果
mirTarPathway
rbpTarPathway
rnaTarPathway
ceRnaPathway
检索结果示意如下
2. Pan-Cancer
利用TCGA中32种癌症类型对应的转录组数据,进行了pan-cancer分析,从检索结果中的pan-cancer列可以查看详细信息,示意如下
提供了两个基因的共表达分析结果,提供了散点图和箱线图两种展示形式,如下所示
通过starbase数据库,可以查询各种RNA分子间的互作信息以ceRNA调控网络信息。
·end·
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