（一）细菌的分类单位
细菌的分类等级（分类单位）和其他生物相同，为界、门、纲、目、科、属、种。临床细菌检验常用的分类单位是科、属、种。种是细菌分类的基本单位。形态学和生理学性状相同的细菌群体构成一个菌种；性状相近、关系密切的若干菌种组成属；相近的属归为科，依次类推。在两个相邻等级之间可添加次要的分类单位，如亚门、亚纲、亚属、亚种等。
同一菌种不同来源的细菌称该菌的不同菌株。它们的性状可以完全相同，也可以有某些差异。具有该种细菌典型特征的菌株称为该菌的标准菌株，在细菌的分类、鉴定和命名时都以标准菌株为依据，标准菌株也可作为质量控制的标准。
（二）细菌的命名
国际上一个细菌种的科学命名采用拉丁文双命名法，由两个拉丁字组成，前一字为属名，用名词，首字母大写；后一字为种名，用形容词，首字母小写，印刷时用斜体字。中文译名则是以种名放在前面，属名放在后面。例如：Mycobacteriumtuberculosis（结核分枝杆菌），Salmonellatyphi（伤寒沙门菌）等。有时某些常见的细菌也可用习惯通用的俗名，如Tuberclebacillus（结核杆菌）、Typhoidbacillus（伤寒杆菌）等。
（三）细菌的分类系统
细菌分类系统有多种，为了便于文献资料的相互比较、分析和交流，目前国际上普遍采用伯杰分类系统。也有采用CDC（美国疾病预防和控制中心）分类系统。包括有细菌的鉴定以及细菌分类资料。目前以细菌细胞壁的结构特点作一级分类依据，将原核生物界分为4个菌门；薄壁菌门、坚壁菌门、软壁菌门和疵壁菌门。
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