肿瘤转移抑制基因应用于临床还很少，但在协助诊断、基因治疗、判断预后等方面的研究日益受到重视，必将有广阔的应用前景。
1.协助诊断肿瘤转移抑制基因临床上有协助诊断价值，如的作用在多种肿瘤中被证实。RECK在胃癌、直肠癌、肝癌、胰腺癌等消化道肿瘤中表达下调，在前列腺癌等泌尿系肿瘤癌组织中表达低于癌旁组织。临床上可以通过检查RECK基因的表达情况来协助诊断。
2.治疗肿瘤目前尚无彻底根治的有效方法，目前仍以外科手术为主，辅以化疗、放疗，虽然5年生存率较前提高，但术后复发甚至广泛的转移仍是导致患者死亡的首要原因。基因治疗作为可能根治肿瘤的治疗手段目前正在研究中，治疗条件、靶点的选择等因素尚未明确。以基因表达作为治疗策略，诱导肿瘤转移抑制基因表达也可考虑为一种治疗方式。另外，直接施用肿瘤转移抑制蛋白，通过应用肿瘤转移抑制基因其表达的蛋白，可能会起到抑制肿瘤转移的作用。同时对新药的开发、研究，也提供新的方向与指导。有的瘤转移抑制基因能对肿瘤细胞里的信号通路进行调控，表达这些信号通路的下游因子可能会增强肿瘤细胞的侵袭能力与转移能力，从而作为治疗靶点。醋酸甲羟孕酮可以通过糖皮质激素受体反应元件来诱导NM23的表达，已经被应用于乳腺癌的临床试验.
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