在发病前或田间发现零星病株时，可用50%多菌灵可湿性粉剂600倍液，或70%甲基托布津800倍液，或50%代森铵水剂1000倍液，每株灌500克，每5-7天灌1次，连续灌2-3次，均有一定的防治效果，主要还是在于预防。
发病初期喷洒或浇灌50%甲基硫菌灵（甲基托布津）可湿性粉剂500倍液或50%多菌灵可湿性粉剂500倍液、60%防霉宝超微可湿性粉剂800倍液、50%苯菌灵可湿性粉剂1500倍液，采果前3天停止用药。
喷洒或浇灌50%甲基硫菌灵(甲基托布津)可湿性粉剂500倍液或50%多菌灵可湿性粉剂500倍液、60%防霉宝超微可湿性粉剂800倍液、50%苯菌灵可湿性粉剂1500倍液，采果前3天停止用药。
西瓜根腐病可用百菌清药剂防治。
田间发病可采用杀菌剂配合根施通一起灌根，能诱导病菌集结，供杀菌剂包围歼灭根部有害细菌。
西瓜根腐病用50%甲基硫菌灵可湿性粉剂500-600倍喷雾。
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