嫁接苗的砧木不仅对接穗的适应能力、抗逆性有显着影响，同时对柑橘植株的树冠形状、高矮、结果早晚、产量、品质等都影响巨大。若砧木品种选择不当，不仅难于管理，增加种植成本，后期甚至出现死树现象，导致前功尽弃。
一般来说，优良砧木需要具备的条件是：适应和抗性好；亲和力高；对接穗品种的生长、产量、品质等有良好的影响；丰产、果实种子多，且为多胚类型；易繁殖、生长快。
枳：应用*多、*广。
特点：茎皮厚，易嫁接，成活率高。抗寒、抗旱、抗瘠，可提早结果，用作砧木的话树体多矮化。抗脚腐病、流胶病、线虫病，但不抗裂皮病、碎叶病，不耐盐碱。枳与其他柑橘易杂交，天然的杂种有枳橙、枳柚等，也具有明显的抗寒性。
适用于：温州蜜柑、甜橙、椪柑、瓯柑、金柑、华脐、梁平柚、五步柚、晚白柚等。
不适用于：本地早、柳橙、蕉柑、汤姆森脐橙、麻豆文旦、八朔蜜柑、尤克力柠檬、马叙无核葡萄柚、邓肯葡萄柚。
枳橙：枳和橙的属间杂种。
特点：根系发达，半矮化，生长旺、幼苗生长快速，耐寒耐贫瘠，抗病力强，有的品系抗衰退病。
适用于：甜橙、温州蜜柑、本地早、椪柑、葡萄柚等。
红柠檬：广东常用砧木。
特点：根系发达，吸肥能力强，苗期生长快，进入结果期*早，单株产量高。耐湿耐盐碱、抗速衰病，适合潮湿沙壤。不耐旱、不抗流胶病和疮痂病，寿命较短。
适用于：甜橙、椪柑、金柑等。
酸橘：主产广东，用作砧木的有黄皮酸橘和红皮酸橘。
特点：接后生长壮、根系发达，耐旱耐湿，寿命长、产量稳定，大小年现象不显着，果实品质优良。苗木初期生长较慢，以后生长迅速，土壤适应性强，抗风力强。黄皮酸橘抗脚腐病。
适用于：甜橙、蕉柑、椪柑等。
不适用于：温州蜜柑，易得青枯病，常大片死亡。
香橙：以长江流域分布较集中。
特点：一般树势较强，根系深，寿命长，抗寒、抗旱，较抗脚腐病，较耐碱。
适用于：温州蜜柑、甜橙、柠檬等。亲和力好，结果较枳稍晚，但后期产量高。
嫁接苗的砧木不仅对接穗的适应能力、抗逆性有显着影响，同时对柑橘植株的树冠形状、高矮、结果早晚、产量、品质等都影响巨大。
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