日本京都黄檗山万福寺是中国福清万福寺的姊妹寺，都为隐元创建，用一样的山名，寺名。伽蓝配置与建筑也一样。
1654年，中国福州府的黄檗山万福寺住持隐元隆琦(1592-1673)，应邀携弟子20余人东渡扶桑，受到后来成为其弟子的妙心寺住持龙溪禅师，以及后水尾天皇和德川幕府的尊崇，于宽文元年（1661）5月在此建寺。
日本京都黄檗宗万福寺，从建材到工匠，都是幕府从福建购、请，作为最后一批东传日本的宗教建筑类型，保留了严谨的福建晚明清初建筑的做法、工艺、雕塑等艺术，促进了明代建筑在日本的传播。
日本万福寺建筑群现在基本保持了原有的格局，除了总门于1693年重建，松隐堂于1694年移建外，其他如以万字纹勾栏回廊著称的法堂、禅堂、东西方丈、舍利殿、大雄宝殿、天王殿，以开梆和云板著称的斋堂、祖师堂、钟楼、三门、鼓楼等建筑都经过修缮完整地保留了下来。
隐元隆琦在日本创立新黄檗宗，信徒万众，其佛教理念得以在日本全国得到通行，按理说心愿已了，但是他最牵挂的，还是大明，还是故国。
福清黄檗山万福寺为隐元亲自所营建，这座仅存的法堂是大陆古黄檗宗仅存的遗迹，其风格做法可以与明以来的日本长崎唐三寺、京都黄檗山万福寺相呼应，现在这座实物资料已经完全消失了。万福寺是宇治市最著名寺庙，亦是旅游的胜地，终年香客、游客不断。
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